Центрального державного органу для керівництва всією медичною справою у Московській Русі не було. Відсутність такого органу до деякої міри компенсувалась Аптекарським приказом, заснованим у 90-х роках XVI ст. під назвою «аптекарська хата», або «палата». Призначенням її спочатку було виключно спостерігати за лікуванням царя і його родини.
У XIV ст., особливо у другій його половині, слов'янські землі поступово долали розруху, спричинену роздробленістю й тяжким ігом кочівників. Зростала потреба у господарському спілкуванні й об'єднанні. Головна роль у цьому належала Московському князівству, особливо за князювання Івана Калити (1325-1340) і Дмитрія Донського (1363-1389).
Уже в перших літописах маємо деякі відомості про епідемічні захворювання. Найнищівнішими були епідемії чуми, віспи, тифів. Найстрашнішою епідемією чуми була пандемія в середині XIV ст., коли під назвою «чорна смерть» вона обійшла всі відомі в ті часи країни, знищивши чверть усього людства.
В історії медицини на Україні не можна обминути братств - організації українського міщанства, які в XV- XVIII ст. мали велике значення в житті народу, в його боротьбі проти національного гноблення і спроб окатоличення. Братства існували здавна. Вони займалися різноманітною релігійно-благодійницькою і освітньою діяльністю, допомагали збіднілим та хворим членам своєї парафії тощо.
У XV ст. зруйнований внаслідок постійних нападів золотоординців Київ втратив на деякий час провідну роль у культурному житті українських земель. Таким містом стає Львів. Уже під 1377 р. в міських актах Львова знаходимо відомості про заснування в місті шпиталю для хворих і бідних. У податковому списку міста за 1405 р. значиться доктор медицини Бенедикт. У 1407 р. в місто проведено глиняними трубами воду, каналізаційні труби було проведено через 70 років, а воду в окремі будинки заможних осіб подано в 1614 р.
Юрій Дрогобич-Котермак (1450-1494) під ім'ям Георгія-Михайла сина Доната з Дрогобича був записаний у 1468 р. студентом Краківського університету; здобув ступінь бакалавра у 1470 p., магістра -у 1473 р. Не задовольняючись цією освітою, він вирушає в далеку Італію і вступає до відомого в ті часи Болонського університету.
Академія в м. Замості заснована була з ініціативи графа Яна Замойського в 1593 р. Ян Замойський, який сам здобув освіту в Падуанському університеті, вирішив відкрити за зразком цього університету школу в себе на батьківщині. Папа римський Климент VIII затвердив статут академії, надавши їй право присуджувати ступені доктора філософії, права і медицини.
Литовці у XIV ст. щодо культури значно поступалися перед придніпровськими слов'янами: вони не мали писемності, вироблених форм державного права, не знали багатьох ремесел, що були відомі слов'янському населенню. Заволодівши величезними західними і південними територіями Русі, що набагато перевищувала Литву кількістю населення, литовці швидко підпали під вплив підкорених. Литовські князі приймають християнство, одружуються з руськими княжнами, руська мова і письмо стають державними. Відновлюються торговельні й культурні зв'язки з сусідніми народами. Складалися відносно сприятливі умови для розвитку культурного життя, зокрема для розвитку медицини.
Для дальшого розвитку давньоруської держави не було сприятливих умов. Відсутність міцної централізованої влади, постійні збройні сутички між князями за землі і міста, зокрема й за Київ, не сприяли розвиткові господарства і культури, зокрема розвитку медицини. Крім постійних чвар між князями, від яких найбільше терпів трудовий люд, країну спустошували напади кочівників, яким роз'єднані князі не завжди могли дати відсіч.
