Тяжким випробуванням для нашої країни і народу стала Велика Вітчизняна війна 1941-1945 pp. З перших днів війни партія і уряд приділяли особливу увагу організації допомоги пораненим. Військових медиків бракувало, довелося поповнити їхні ряди достроковим випуском в усіх вищих і середніх медичних закладах країни, що дало додатково близько 4000 лікарів і понад 13000 фельдшерів. Масштаби небувалої в історії війни були такі, що сама лише військово-медична служба не могла б самотужки впоратися з тими завданнями, які постали перед нею. До виконання їх було залучено сили цивільної охорони здоров'я. Всю службу медичного тилу було покладено на евакогоспіталі, що належали до системи Наркомздоров'я. Кількість великих госпіталів, розташованих у тилу, було поступово доведено до 50.
Велику роботу було здійснено і щодо організації за останніми досягненнями науки воєнної медицини - органічної складової частини радянської охорони здоров'я. В основу її було покладено ідеї М.І.Пирогова про виняткове значення на війні організації лікарської допомоги, медичного сортування поранених і раціональної евакуації. Видатними вченими В.А.Оппелем, М.Н.Бурденком, Є.І.Смирновим, М.Н.Ахутіним та ін. було розроблено систему етапного лікування з евакуацією за призначенням залежно від характеру поранення. Дуже важливим моментом у поданні допомоги пораненим був наказ наркома оборони від 23 серпня 1941 р. про представлення до нагород воєнних санітарів і носіїв за винесення поранених з поля бою. Вперше в історії воєнної медицини врятування пораненого було прирівняно до подвигу бійців на полі бою.
Організація евакуації і лікування у спеціалізованих закладах з обов'язковим застосуванням на всіх етапах лікувальних засобів, регламентованих єдиною воєнно-польовою медичною доктриною, дали змогу в часи Великої Вітчизняної війни досягти незнаних в історії воєн результатів: повернення 72,3% поранених і 90,6% хворих у діючу армію.
Важливу роль в роботі лікувальних закладів відігравали головні спеціалісти фронтів, армій та евакопунктів, госпіталів. В армію з початком війни було мобілізовано сотні тисяч лікарів, фельдшерів, медсестер. Багато з них уперше ставали біля операційного стола, біля ліжка хворого і, зрозуміло, потребували порад лікарів-спеціалістів. Головні спеціалісти крім безпосереднього керівництва і показу на місці узагальнювали досвід лікування, підтримували і поширювали позитивний досвід, виправляли помилки, використовували перерви між боями для навчання і наукових конференцій. В ході війни дослідженнями і спостереженнями вчених (С.С.Гірголав, В.М.Шамов, П.А.Купріянов, С.С.Юдін, С.І.Банайтіс та ін.) удосконалювались методи лікування поранень у череп, проникаючих поранень грудини, живота, суглобів, різних ранових ускладнень.
Великим досягненням радянської медицини під час війни була організація лікування легкопоранених - найчисленнішої групи - у спеціалізованих армійських і фронтових госпіталях з одночасним підвищенням їхніх воєнно-технічних знань.
Протягом війни Радянська Армія не знала фактично епідемій. Уперше в історії інфекційні захворювання, які в усіх попередніх війнах виводили з лав більше бійців, ніж зброя противника, були практично ліквідовані в радянських військах.
Під час Великої Вітчизняної війни величезну роль у діяльності воєнно-санітарної служби, в організації лікування та обслуговування поранених відіграли радянські жінки. Вони працювали в медсанбатах, польових, фронтових евакогоспіталях і бойових частинах. Жінки становили 40% фронтових лікарів, 43% фельдшерів, 40% санінструкторів та санітарів.
Під час війни яскраво виявився якнайтісніший зв'язок радянської медицини з народом. По всій країні був поширений рух подання допомоги медичній службі в обслуговуванні поранених і хворих бійців. Організаційним і координаційним центром цього патріотичного руху радянської громадськості був Всесоюзний комітет обслуговування поранених і хворих бійців і командирів Радянської Армії.
Серед громадських організацій винятково важлива роль належала Товариству Червоного Хреста і Червоного Півмісяця, яке об'єднувало понад 10 мільйонів членів. Це Товариство взяло на себе багато відповідальних завдань: підготовку середнього і молодшого медперсоналу, організацію донорства, підготовку населення з питань санітарної оборони, розвантаження і навантаження санітарного транспорту та ін. За час війни всього було підготовлено на курсах Червоного Хреста 230 тисяч медичних сестер, 536 тисяч санітарних дружинниць і санітарів. В роки війни багато членів Товариства Червоного Хреста були активними донорами; в Товаристві в період війни налічувалось 565 тисяч донорів, одна лише московська організація Червоного Хреста дала фронту 500 тонн крові.
Тисячі медичних працівників під час Великої Вітчизняної війни виявили безприкладний героїзм, самопожертву, вірність своєму обов'язку. Радянський уряд нагородив 116 тисяч медичних працівників орденами та медалями, з них 40% жінок; 52 медики удостоєні звання Героя Радянського Союзу, з них 16 жінок. Сан дружинницю М.С.Нечипорук - єдину з медиків - було нагороджено орденом Слави трьох ступенів. Такої нагороди в усій Радянській Армії було удостоєно тільки 600 чоловік. Марія Сердюк, нагороджена багатьма бойовими орденами і медалями, Міжнародним комітетом Червоного Хреста була удостоєна вищої нагороди - медалі імені Флоренс Найтінгейл.
У винятково тяжких і небезпечних умовах доводилося подавати медичну допомогу пораненим партизанських загонів. У примітивних умовах, при нестачі перев'язного матеріалу, інструментів, в імпровізованій операційній виконувались оперативні втручання. Оперованих доводилося перевозити на підводах, доглядати за ними в русі, часто під обстрілом, як це, зокрема, мало місце на Україні під час відомого Карпатського партизанського рейду під командуванням С.А.Ковпака. Багатьох лікарів за участь у партизанському русі було спалено, розстріляно, як на Україні професора П.М.Буйка, лікаря І.І.Сосніна з дочкою-партизанкою Ніною, дочку лікаря партизанку Олену Убийвовк.
За час війни було нагромаджено великий досвід у різних галузях воєнної медицини. Цей досвід глибоко вивчено і узагальнено в 45 томах «Досвіду радянської медицини у Великій Вітчизняній війні» та в 6 томах «Енциклопедичного словника воєнної медицини». Вся медична документація часів Великої Вітчизняної війни зберігається в Центральному медичному воєнному музеї в Ленінграді.
За десятиріччя, що минули після закінчення Великої Вітчизняної війни, Радянська Армія докорінно змінилась: вона повністю механізована, оснащена сучасною бойовою технікою, новітньою автоматизованою системою управління. Невпізнанно зросли оснащеність і можливості воєнної медицини. Зусиллями вчених, спеціалістів, організаторів у багатьох науково-дослідних спеціальних медичних установах розроблено систему засобів, які здатні забезпечити успішну роботу медичної служби в умовах можливої ракетно-ядерної війни, ефективних засобів захисту особового складу від уражуючих факторів сучасних видів зброї з поданням допомоги і лікуванням поранених і хворих у найскладніших бойових обставинах.
